消費税の納税義務者は預かった消費税と支払った消費税を計算して納付又は還付されることとなりますが、消費税を納める義務がない免税事業者や一般消費者に対する支払いであっても仕入れ税額控除が認められています。

消費税の軽減税率とともにこれから始まる適格請求書等保存方式（インボイス制度）（2023年）では、免税事業者からの仕入れについて原則、仕入税額控除が認められません。しかし、適格請求書等保存方式の導入後一定期間は、免税事業者からの仕入税額相当額の一定割合を控除できる経過措置があります。